CIR et CII pour petites structures : comment en bénéficier en 2026

En bref — Le crédit d’impôt recherche (CIR) représente 30 % des dépenses de R&D éligibles, quelle que soit la taille de l’entreprise ; le crédit d’impôt innovation (CII), réservé aux PME, représente 20 % des dépenses de conception de prototypes d’un produit nouveau, dans la limite de 400 000 € de dépenses par an — soit jusqu’à 80 000 € de crédit —, pour les dépenses effectuées jusqu’au 31 décembre 2027. Condition d’entrée : être imposé à un régime réel (IS ou IR) — le régime micro est exclu des deux dispositifs (certaines entreprises exonérées, comme les jeunes entreprises innovantes, restent éligibles). La loi de finances pour 2025 a rebattu les cartes (taux du CII abaissé de 30 % à 20 %, frais de brevets, veille technologique et régime jeune docteur sortis de l’assiette du CIR) : méfiez-vous des guides antérieurs à 2025. Déclaration sur le formulaire 2069-A-SD, sécurisation possible par rescrit — mode d’emploi ci-dessous.

Sommaire

• Le préalable qui fâche : le régime micro est exclu
• CIR et CII : deux crédits d’impôt cousins, deux logiques
• Le CIR en pratique : activités et dépenses éligibles en 2026
• Le CII en pratique : réservé aux PME, pour un produit nouveau
• Combien pouvez-vous récupérer ? Deux exemples chiffrés
• Déclarer, imputer, se faire rembourser
• Sécuriser son crédit d’impôt : rescrit, documentation, agréments
• JEI et CICo : deux dispositifs voisins à connaître
• FAQ — Vos questions sur le CIR et le CII en 2026
• Sources officielles consultées

Le préalable qui fâche : le régime micro est exclu

Commençons par la réponse que beaucoup d’entre vous sont venus chercher, et qui est malheureusement négative : un micro-entrepreneur ne peut bénéficier ni du CIR ni du CII. Les fiches officielles sont sans ambiguïté : les deux dispositifs exigent une entreprise « soumise à un régime réel (normal ou simplifié) » de l’impôt sur les sociétés ou de l’impôt sur le revenu.

La raison est structurelle, pas punitive. Au régime micro, le bénéfice imposable est calculé après un abattement forfaitaire qui tient lieu de charges : il n’existe pas de comptabilité de dépenses réelles. Sans dépenses réelles à justifier ligne à ligne, pas d’assiette — donc pas de crédit.

Et si vous êtes en micro avec de vrais travaux de R&D ? Une entreprise peut relever d’un régime réel automatiquement ou sur option. Mais soyons claire : basculer au réel — ou créer une société — pour accéder au CIR ou au CII est un arbitrage global, jamais un réflexe. La bascule emporte des obligations comptables complètes et des cotisations calculées sur le bénéfice réel ; elle ne mérite d’être étudiée que si les montants de R&D en jeu sont significatifs et durables, avec l’appui d’un expert-comptable ou d’un conseil fiscal. Si votre projet vous oriente vers une société, notre guide pour créer une SASU en 2026 détaille le parcours ; pour une vue d’ensemble de vos obligations selon votre régime, commencez par notre guide de la fiscalité de l’entrepreneur en 2026.

Dernière exclusion à connaître : le CIR et le CII sont réservés aux entreprises industrielles, commerciales ou agricoles (une entreprise artisanale imposée en BIC au réel entre en pratique dans ce champ). Les activités purement libérales, imposées en BNC, n’entrent pas dans leur champ — si c’est votre cas, notre article sur le choix entre micro-BNC et déclaration contrôlée traite des leviers qui vous concernent réellement. Une entreprise artisanale au régime réel, imposée en BIC, peut en revanche bénéficier du CIR.

CIR et CII : deux crédits d’impôt cousins, deux logiques

Quand je travaillais dans la fintech, j’ai vu plus d’un fondateur découvrir ces dispositifs sur le tard — et confondre les deux. Le réflexe utile : le CIR finance la recherche (lever un verrou scientifique ou technique), le CII finance l’innovation (concevoir le prototype d’un produit nouveau). Le CII est d’ailleurs officiellement une extension du CIR, réservée aux PME.

Point de calendrier : les paramètres décrits ici sont ceux issus de la loi de finances pour 2025, toujours en vigueur en 2026 d’après les fiches officielles mises à jour début 2026. D’où l’avertissement : les guides et simulateurs rédigés avant 2025 sont périmés sur plusieurs points clés.

	CIR	CII
Qui	Toute entreprise industrielle, commerciale ou agricole au régime réel (IS ou IR), quelle que soit sa taille	PME uniquement (moins de 250 salariés et CA inférieur à 50 M€ ou bilan inférieur à 43 M€), au régime réel
Micro-entreprise	Non (régime réel exigé)	Non (régime réel exigé)
Objet	R&D : recherche fondamentale, recherche appliquée, développement expérimental	Prototypes ou installations pilotes d’un produit nouveau (pas la production, pas les services)
Taux en métropole	30 % jusqu’à 100 M€ de dépenses, 5 % au-delà	20 % pour les dépenses exposées depuis le 1ᵉʳ janvier 2025
Plafond d’assiette	Aucun (seul le taux change à 100 M€)	400 000 € de dépenses par an, soit un crédit maximal de 80 000 €
Borne temporelle	Dispositif pérenne	Dépenses effectuées jusqu’au 31 décembre 2027
Sous-traitance	Prestataires agréés obligatoirement	Prestataires agréés obligatoirement
Déclaration	Formulaire 2069-A-SD joint à la déclaration de résultats	Même formulaire, mêmes échéances

Trois règles communes. Le crédit est calculé par année civile, quelle que soit la date de clôture de l’exercice. Les subventions publiques reçues pour vos projets sont déduites de l’assiette. Et une même dépense ne peut jamais être comptée deux fois : ce qui est retenu au CIR ne peut pas l’être au CII — sur un même projet, il faut distinguer la phase de recherche (CIR) de la phase d’innovation (CII).

Le CIR en pratique : activités et dépenses éligibles en 2026

Pas de taille minimale : l’idée reçue à enterrer

Le CIR n’est pas un dispositif de grands groupes. Bercy le formule expressément : il est accessible « quelle que soit sa taille et sa forme juridique » à toute entreprise industrielle, commerciale ou agricole au régime réel. Une EURL de deux personnes qui lève un verrou technique y prétend au même taux de 30 % qu’un grand groupe. Seule contrainte géographique : les travaux doivent être menés au sein de l’Union européenne ou de l’Espace économique européen (sous conditions de coopération administrative).

Les trois familles d’activités éligibles

• la recherche fondamentale : acquérir de nouvelles connaissances, sans application particulière en vue ;
• la recherche appliquée : déterminer les applications possibles des résultats de la recherche fondamentale ;
• le développement expérimental : des travaux systématiques, fondés sur les connaissances issues de la recherche, pour créer de nouveaux produits ou procédés ou améliorer ceux qui existent.

Pour une petite structure, c’est presque toujours dans le développement expérimental que cela se joue. Attention au piège classique du numérique : développer un logiciel, même complexe, n’est pas en soi de la R&D — il faut démontrer une incertitude scientifique ou technique que l’état de l’art ne permettait pas de résoudre.

Les dépenses retenues — la liste 2026, après la loi de finances pour 2025

Entrent dans l’assiette du CIR :

• les dotations aux amortissements des biens et bâtiments créés ou acquis neufs, affectés à la recherche ;
• les dépenses de personnel des chercheurs et techniciens directement et exclusivement affectés à la R&D, plus la rémunération supplémentaire des salariés auteurs d’une invention ;
• les salaires et charges des périodes de participation aux réunions officielles de normalisation ;
• les frais de dépôt et de défense de dessins et modèles liés aux opérations de recherche ;
• la sous-traitance confiée à des prestataires agréés — organismes publics de recherche compris, l’agrément étant exigé pour tous (voir la section dédiée) ;
• un forfait de dépenses de fonctionnement, calculé automatiquement à hauteur de 40 % des dépenses de personnel et 75 % des dotations aux amortissements, sans justificatif de dépense réelle à produire ;
• les dépenses de collection du secteur textile-habillement-cuir, jusqu’au 31 décembre 2027 (cas particulier non développé ici).

Ce qui est sorti de l’assiette depuis 2025 — le point sur lequel les guides anciens vous induiront en erreur : les frais liés aux brevets et aux certificats d’obtention végétale, les dépenses de veille technologique et le régime dit « jeune docteur » n’ouvrent plus droit au CIR. La même réforme a abaissé le forfait de fonctionnement sur le personnel de 43 % à 40 %.

Le CII en pratique : réservé aux PME, pour un produit nouveau

Une extension du CIR, bornée dans le temps

Le CII s’applique aux dépenses effectuées jusqu’au 31 décembre 2027 par des PME au sens européen : moins de 250 salariés, et un chiffre d’affaires annuel inférieur à 50 M€ ou un total de bilan inférieur à 43 M€ (selon la recommandation 2003/361/CE, article 4, un dépassement de seuil ne fait perdre la qualité de PME, et donc l’éligibilité, qu’après deux exercices consécutifs).

Côté taux, la loi de finances pour 2025 a reconduit le dispositif pour trois ans tout en abaissant le taux métropolitain de 30 % à 20 %, applicable, selon Bpifrance Création, aux dépenses exposées depuis le 1ᵉʳ janvier 2025. Des taux majorés existent pour les exploitations situées outre-mer et en Corse. L’assiette est plafonnée à 400 000 € de dépenses par an, soit un crédit maximal de 80 000 € par an en métropole.

Ce qui est un « produit nouveau » — et ce qui ne l’est pas

Un produit nouveau, au sens du dispositif, cumule deux conditions : il n’a pas encore été mis à disposition sur le marché, et il se distingue des produits existants par des performances supérieures — techniques, d’écoconception, d’ergonomie ou de fonctionnalités.

Bonne nouvelle pour les éditeurs de logiciels : la fiche officielle cite expressément le cas d’une solution numérique de type plateforme en ligne, éligible si elle constitue un nouveau produit incorporel aux performances supérieures. Trois exclusions reviennent en revanche sans cesse :

• une prestation de service innovante, une nouvelle organisation ou la simple évolution d’une offre existante ne relèvent pas du CII — le texte exige un produit, pas un service amélioré ;
• le prototype ne doit pas être destiné à être vendu : il sert de modèle pour le futur produit ;
• les dépenses de la phase de production du prototype sont exclues — le CII s’arrête à la conception.

Les dépenses retenues au CII

La liste est proche de celle du CIR : amortissements des biens affectés aux opérations, dépenses de personnel directement et exclusivement affecté, sous-traitance auprès de prestataires agréés. Particularité notable : la fiche officielle du CII, vérifiée début 2026, retient encore l’amortissement des brevets et certificats d’obtention végétale et leurs frais de défense — des postes qui ont disparu de l’assiette du CIR. La liste du CII ne comporte en revanche pas de forfait de fonctionnement.

Combien pouvez-vous récupérer ? Deux exemples chiffrés

Ces exemples sont volontairement simplifiés : ils supposent des dépenses intégralement éligibles, sans subvention publique à déduire — dans la vraie vie, chaque poste doit être justifié.

Exemple 1 — CII. Une SASU éditrice de logiciels, PME au régime réel, engage en 2026 50 000 € de dépenses éligibles pour concevoir le prototype d’un nouveau produit. Son crédit d’impôt innovation s’élève à 50 000 € × 20 % = 10 000 €.

Exemple 2 — CIR. Une SAS de quatre personnes mène un projet de développement expérimental, avec 60 000 € de salaires et charges de personnel de recherche et 10 000 € de dotations aux amortissements de matériel affecté au projet.

Poste	Calcul	Montant
Dépenses de personnel	—	60 000 €
Amortissements	—	10 000 €
Forfait de fonctionnement	40 % × 60 000 € + 75 % × 10 000 €	31 500 €
Assiette totale	60 000 € + 10 000 € + 31 500 €	101 500 €
CIR	101 500 € × 30 %	30 450 €

Le forfait de fonctionnement majore ici l’assiette de 31 500 € sans le moindre justificatif supplémentaire.

Pour un premier repérage, l’administration propose un simulateur officiel des aides fiscales à l’innovation.

Déclarer, imputer, se faire rembourser

Un seul formulaire, des échéances à ne pas manquer

CIR et CII se déclarent sur le même formulaire, le 2069-A-SD, à joindre à votre déclaration de résultats, par télétransmission (espace professionnel ou téléprocédure dédiée) :

• entreprise à l’IS : au moment du relevé de solde, soit au plus tard le 15 du quatrième mois suivant la clôture de l’exercice ;
• entreprise à l’IR : au moment de la déclaration de résultats, soit au plus tard 15 jours après le deuxième jour ouvré suivant le 1ᵉʳ mai.

Au-delà de 10 M€ de dépenses de recherche, des états annexes détaillés s’ajoutent — sans objet pour la quasi-totalité des petites structures. Si vous hésitez encore entre IS et IR pour votre société — un choix qui conditionne aussi ce calendrier —, notre comparatif IS ou IR pour votre société en 2026 pose les termes de l’arbitrage.

Imputation, report… et remboursement

Le crédit d’impôt s’impute sur l’IS ou l’IR dû au titre de l’année des dépenses. S’il dépasse l’impôt — cas fréquent pour une jeune structure déficitaire —, l’excédent est reportable sur les trois années suivantes, et la partie non utilisée à l’issue de ces trois ans vous est remboursée.

Surtout, plusieurs catégories d’entreprises peuvent demander le remboursement immédiat de leur créance : les entreprises créées depuis moins de deux ans (justificatifs à l’appui), les entreprises nouvelles issues d’une création sous conditions de détention du capital, les jeunes entreprises innovantes (JEI) et les entreprises en procédure de conciliation, sauvegarde, redressement ou liquidation judiciaire. Bercy indique par ailleurs que les PME peuvent demander le remboursement immédiat du CIR. Pour une petite structure, l’enjeu est là : ce remboursement immédiat n’est pas automatique, il se demande et fait l’objet d’une instruction par l’administration, qui reste en droit de le contrôler ; accordé, il évite d’attendre le report sur les trois années suivantes.

Sécuriser son crédit d’impôt : rescrit, documentation, agréments

Le CIR et le CII sont déclaratifs : l’administration ne valide rien au dépôt, mais peut contrôler ensuite. Trois réflexes réduisent nettement le risque — notre tour d’horizon des erreurs fiscales des entrepreneurs le confirme, l’improvisation se paie avec intérêts.

Le rescrit : demandez l’avis de l’administration avant de déclarer

Vous pouvez interroger l’administration fiscale sur l’éligibilité de votre projet avant de déclarer. La demande de rescrit doit être déposée au plus tard six mois avant la date limite de dépôt de votre déclaration de crédit d’impôt ; la réponse intervient dans un délai de trois mois. Pour le rescrit CII, la règle est explicite : passé ce délai, et dès lors que la demande a été régulière et complète, l’avis est réputé favorable et opposable lors d’un contrôle ultérieur. Précision utile : le rescrit porte sur l’éligibilité du projet — il n’immunise pas contre un contrôle des éléments comptables de la déclaration.

La documentation contemporaine : constituez le dossier au fil de l’eau

Le piège le plus répandu : monter le dossier justificatif des années après, au moment du contrôle. Tenez, au fil de l’eau et projet par projet, un dossier scientifique et financier : état de l’art au démarrage, verrous techniques rencontrés, démarche expérimentale suivie, temps passés par personne. Le ministère chargé de la recherche publie un guide du CIR qui détaille les attendus.

La sous-traitance : vérifiez l’agrément avant de signer

Si vous confiez des travaux à un prestataire, celui-ci doit être agréé par le ministère chargé de la recherche. La sanction est brutale : sans agrément du sous-traitant, le donneur d’ordre ne peut pas bénéficier du crédit d’impôt sur ces dépenses. L’agrément, demandé par le prestataire via le portail en ligne dédié, est accordé pour trois ans en règle générale. Avant toute signature, vérifiez votre prestataire dans la liste officielle correspondant à votre dispositif, les organismes agréés faisant l’objet de deux listes distinctes, l’une au titre du CIR, l’autre au titre du CII.

JEI et CICo : deux dispositifs voisins à connaître

La jeune entreprise innovante (JEI). Si votre PME a moins de 8 ans, consacre à la R&D au moins 20 % de ses charges, est détenue à 50 % au minimum par des personnes physiques (ou structures assimilées) et exerce une activité réellement nouvelle, le statut de JEI peut compléter le CIR. Les JEI créées depuis le 1ᵉʳ janvier 2024 ne bénéficient plus d’exonération d’impôt sur les bénéfices, mais une JEI créée avant le 31 décembre 2028 peut bénéficier d’une exonération de cotisations patronales (dans des limites de rémunération et de plafond annuel). Le cumul JEI + CIR est possible, et le statut ouvre droit au remboursement immédiat du crédit d’impôt.

Le crédit d’impôt recherche collaborative (CICo). Prorogé par la loi de finances pour 2026, il concerne les entreprises au régime réel qui concluent un contrat de collaboration avec un organisme de recherche entre le 1ᵉʳ janvier 2022 et le 31 décembre 2028 : crédit de 50 % des sommes facturées par l’organisme pour les micro-entreprises et PME au sens européen (40 % pour les autres), dans la limite de 6 M€ par an, sous conditions contractuelles strictes. Un dispositif de niche, mais précieux si votre projet passe par un laboratoire — même formulaire 2069-A-SD.

FAQ — Vos questions sur le CIR et le CII en 2026

Sources officielles consultées

• Crédit d’impôt recherche (CIR) — fiche F23533 — Service-Public Entreprendre.
• Crédit d’impôt innovation (CII) — fiche F35494 — Service-Public Entreprendre.
• Le crédit d’impôt recherche — ministère de l’Économie.
• Le crédit d’impôt innovation — ministère de l’Économie.
• CII — crédit d’impôt innovation — Bpifrance Création.
• Recommandation 2003/361/CE concernant la définition des micro, petites et moyennes entreprises — Commission européenne.
• CIR : procédures de sécurisation — ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche.
• Agrément des prestataires de recherche — fiche F35438 — Service-Public Entreprendre.
• Liste des organismes agréés au titre du CIR — ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche.
• Liste des organismes privés agréés au titre du CII — ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche.
• Jeune entreprise innovante (JEI) — fiche F31188 — Service-Public Entreprendre.
• Crédit d’impôt recherche collaborative (CICo) — fiche F36528 — Service-Public Entreprendre.
• Simulateur — connaître les aides fiscales à l’innovation — Service-Public Entreprendre.